根据《个人所得税法》第六条和第七条的规定，个人所得税的专项附加扣除包括子女教育、继续教育、住房贷款利息、住房租金、赡养老人等项目。软考证书可以作为继续教育的一部分进行抵扣。
具体操作流程如下：
1. 首先，需要确保软考证书是符合国家规定的继续教育项目，可以向软考相关机构或税务机关咨询确认。
2. 在个人所得税年度汇算清缴时，可以在申报表中填写相关信息，如软考证书的培训费用、培训机构等。
3. 根据个人所得税法规定，软考证书的培训费用可以在继续教育专项附加扣除中进行抵扣，具体抵扣金额和方式需要根据个人所得税法规和相关政策来确定。
4. 最后，根据个人所得税法规定，需要提供相关的发票、培训合同等证明材料，以便税务机关核实和审核。
需要注意的是，个人所得税的抵扣额度和政策可能会根据国家的税收政策变化而有所调整，建议在申报前咨询税务机关或专业税务师，以确保符合最新的规定。
